El Consejo Rector es el máximo órgano de gobierno. Lo forman 11 personas representantes de las entidades consorciadas: el Servicio Catalán de la Salud, el Instituto Catalán de la Salud, el Consejo Comarcal de El Baix Llobregat, el Ayuntamiento de Sant Joan Despí, el Ayuntamiento de Hospitalet de Llobregat y Cruz Roja.

Sus principales funciones son la orientación general de las actividades del Consorcio dentro de los objetivos estatutarios de la Entidad y la aprobación de los planes estratégicos y de los planes plurianuales de actuación, reflejados en el presupuesto anual; la aprobación de las cuentas anuales, que comprenden el balance de situación a final de año, la cuenta de pérdidas y ganancias y la memoria correspondiente al ejercicio anterior, y la aprobación de la liquidación del presupuesto anual. Todas las actuaciones tienen como referencia el Código de buen gobierno.