El Consell Rector és el màxim òrgan de govern. El formen 11 persones representants de les entitats consorciades: el Servei Català de la Salut, l’Institut Català de la Salut, el Consell Comarcal del Baix Llobregat, l’Ajuntament de Sant Joan Despí, l’Ajuntament de l’Hospitalet de Llobregat i la Creu Roja.

Les seves funcions principals són l’orientació general de les activitats del Consorci dins dels objectius estatutaris de l’Entitat i l’aprovació dels plans estratègics i dels plans plurianuals d’actuació, reflectits al pressupost anual; l’aprovació dels comptes anuals, que comprenen el balanç de situació a final d’any, el compte de pèrdues i guanys i la memòria corresponent a l’exercici anterior, i l’aprovació de la liquidació del pressupost anual. Totes les actuacions tenen com a referència el Codi de bon govern.